La quinta edición de la prueba se inició desde enero de 2019 a junio de 2019. Como es habitual los centros pudieron escoger realizar la prueba durante la primera ventana de aplicación, que abarcaba el periodo desde el 10 de enero hasta el 30 de marzo de 2019, o durante la segunda ventana de aplicación, desde el 1 de abril hasta el 1 de junio de 2019.
Durante este curso participaron 41 centros educativos y 2466 alumnos procedentes de centros muy diversos ubicados en doce comunidades autónomas españolas. Los centros fueron de titularidad pública y privada, y laicos y religiosos. Aunque la mayor parte de centros educativos eran centros independientes, una parte de ellos participaron en grupo, es decir, con otros centros asociados. Así, siete asociaciones educativas participaron completa o parcialmente en la prueba PISA para Centros Educativos.
En un plano internacional destacó el crecimiento de la comunidad educativa PISA para Centros. Durante esta edición otros países se sumaron a la evaluación, conformando un conjunto de once países participantes en el proyecto de la OCDE en el que España fue pionero. Así, Andorra, Brasil, Brunei, China, Colombia, México, Rusia, Emiratos Árabes Unidos, Reino Unido, Estados Unidos y España forman el grupo de países donde los centros educativos tienen disponible esta herramienta de mejora educativa.
Durante esta edición la prueba continúo administrándose en formato de papel y lápiz, mientras que se seguía avanzando en los procedimientos necesarios para su transformación digital, prevista para sexta edición (2019-2020).
El informe de centro y el informe de grupo no tuvieron cambios importantes respecto al contenido, aunque sí se modificaron los formatos para mejorar el aspecto general de los documentos.
Como en la edición anterior, el marco de referencia fue la escala PISA 2015.