A la Secretaria General del Consejo Escolar del Estado, con nivel de Subdirector General, le corresponde la gestión de los asuntos generales del Organismo. Es nombrado por el Ministro de Educación y Formación Profesional oído el Presidente del Consejo, entre funcionarios que presten servicios en el Departamento.
El Secretario General asiste con voz, pero sin voto, a las sesiones de los órganos del Consejo (Pleno, Comisión Permanente, Junta de Participación de los Consejos Escolares Autonómicos y Ponencias), siendo asimismo el Jefe del personal y de los servicios del Consejo, bajo la autoridad del Presidente.