Ubicado en el edificio que diseñó Juan Segura de Lago como Archivo General de la Administración, las obras comenzaron en 1969 y finalizaron en la primavera de 1973. El archivo central ocupa el ala derecha de la octava planta. El edificio fue declarado Bien de Interés Cultural el 29 de junio de 1985.
Aparte, el Archivo Central comparte dos naves, dentro del complejo que posee la Gerencia de Infraestructuras y Equipamientos en la Carretera M-121 Alcalá --Meco Km 2,200, con otras unidades de la Subsecretaría, el CIDEAD y la Subdirección General de la Propiedad Intelectual (Ministerio de Cultura y Deporte).