Para el desarrollo de su actividad la Conferencia tiene como órgano de apoyo directo la Comisión General de Educación, de la que forman parte los Viceconsejeros, titulares de órganos asimilados de las Comunidades Autónomas o Directores Generales comisionados por los Consejeros.
Coordinadas por la Comisión General, funcionan como órganos de cooperación permanente las Comisiones de Ordenación Académica, Centros Educativos, Personal, Programas Internacionales, Estadística Educativa y Formación Profesional, en las que participan los Directores Generales responsables de las respectivas materias en las Comunidades Autónomas. Dependientes de las Comisiones, vienen funcionando diversos grupos de trabajo para el estudio de cuestiones concretas.